玉米秸秆还田是提高农业资源利用率的手段之一，但部分农民对这一技术掌握不够全面，应用中出现了一些问题，甚至产生负效应，如部分田块出现小麦出苗率低、苗黄、苗弱甚至死苗现象。再过十几天玉米就收获了，笔者提醒农民朋友在应用该技术时注意三防，以减轻下茬作物病虫害的发生。
防碳氮比失调玉米秸秆碳氮比为（65-85）∶1，而适宜微生物活动的碳氮比为25∶1，秸秆还田后土壤中氮元素不足，微生物与作物争夺氮元素，麦苗会因缺氮而黄化、瘦弱，生长不良。解决办法：秸秆粉碎后，在秸秆表面每亩撒施碳酸氢铵50公斤或尿素20公斤，然后耕翻。
防秸秆粉碎过粗有的地块粉碎后的秸秆过长，长度大于10厘米，不利于耕翻，影响播种。解决办法：使用马力相对较大的大型秸秆粉碎机，这样秸秆粉碎得细且旋耕较深，秸秆与土壤混和均匀。
防土壤过松秸秆还田后，土壤过于疏松，大孔隙多，小麦种子不能与土壤紧密接触，影响发芽生长，扎根不牢，甚至出现“吊根”现象。解决这个问题，除提高秸秆粉碎质量外，还要注意以下4个方面：施足氮、磷、钾肥料；提高土壤墒情；提高播种质量；适时镇压、浇水。小麦播种后，晾晒1天，用石磙镇压，使土壤密实。
此外，带病虫的秸秆不能直接还田，否则来年夏季玉米易发生病害。这类秸秆应销毁或高温堆腐后再施入农田。