大银鱼的受精卵应在低温状态下进行孵化。孵化时间比较长，孵化到可进行运输和投放的原肠中期，平均水温6℃-7℃，需100小时以上，孵化成鱼苗需30天左右。如水温低些，孵化时间则更长，因此在整个孵化过程中必须控制好水温的变化。满足受精卵发育对溶氧的要求，防止受精卵水霉病发生和蔓延。
水温控制在1℃-8℃以内，不能使水结冰或超过10℃，否则会大大降低孵化率，或发育畸形。水温突变要控制在±2℃之内，换水时可用室内同温度的水库水，溶氧是通过换水来达到要求的，一般是根据水温来确定日换水次数，开始3天之内如平均水温在3℃左右，还是不要去搬动孵化盘为好，以后的孵化过程中，日平均水温低于4℃时2天换一次水，如日平均水温5℃—8℃，一般一天换水1-2次。受精卵在孵化盘内不能重叠挤压，否则会缺氧死亡，或发育畸形，孵化盘的水深在5厘米左右，孵化室内不能有阳光直射，也不要是暗室。