接种就是把人工培养好的菌丝种点种到架晒好的耳棒上，使它在耳棒内发育定植，长出子实体来，这是黑木耳人工栽培最关键的一道工序，是生产上的一项重大的技术革新，它见效快，产量高。
接种时，首先对耳场和耳棒进行消毒(用消毒药品或火烧就可，对所用工具用酒精或开水消毒，人工可用肥皂水洗净。选择阴凉处进行，不要让阳光直射菌种，切忌下雨天进行。
接种时间，一般从2月到5月上旬，秋季在白露至寒露之间都可进行。接种时，视其不同种型，选用不同工具，如枝条种、三角木种；可用砍花斧砍口，把锯末和枝条或三角木共同塞入砍口内，用斧背轻轻打紧，以不脱落为原则；锯末种、颗粒种，可用10毫米手电钻、打孔机或空心冲子打眼，把菌种塞入孔内，用树皮盖盖上，轻轻打紧。
点种的密度，一般的行距2寸，株距2.5-3寸，排成“品”字形或交错成梅花形都可。耳棒的两端密度要大，让菌丝很快占领阵地，避免杂菌侵入。点种的深度，以透过树皮进入木质部3-4分。