十六大以来，我国农产品加工业进入持续快速发展轨道，总产值年均增幅超过20%，成为国民经济中发展速度最快、与“三农”关联度最高、对县域经济支撑作用最大的支柱产业之一。在促进农民就业、建设社会主义新农村、满足城乡居民生活需求等方面发挥了重要作用。
农产品加工业总产值持续增长。2003年~2011年9年间，农产品加工业总产值从2.75万亿元增加到15万亿元，年均增幅超过20%；农产品加工业产值与农业产值之比从0.9∶1提高到1.9∶1，主要农产品加工转化率（初加工以上）从40%增加到60%以上，深加工比例从20%增加到40%以上。
带动作用明显增强。2011年规模以上农产品加工企业从业人员1900多万人，比2003年增加了600万人；吸纳农村劳动力1500万人以上，农民直接增收超过2800亿元；全国已建立各类农业产业化经营组织22.4万个，上亿农户参与农业产业化经营，户均增收1900多元。
加工业结构不断优化。2011年，食品工业总产值7.6万亿元，占农产品加工业的比重从2003年的45%提高到50%。方便、快捷、休闲和营养保健食品发展迅速，规模以上方便食品制造企业数量超过1000家，实现总产值2575亿元。很多企业按照无公害、绿色、有机标准组织生产，形成了一大批名牌产品和驰名商标。
产业集聚不断加速。初步形成了东北和长江流域水稻加工、黄淮海和西北优质专用小麦加工、东北和黄淮海玉米和大豆加工、长江流域优质油菜籽加工、中原地区牛羊肉加工、东北和西北地区乳品加工、西北和环渤海苹果加工、沿海和长江流域水产品加工等产业聚集区，加快了农产品加工业在重点地区的重点突破和重点产业的梯次推进。
创新步伐不断加快。以农业部认定的260多家技术研发分中心为依托，初步构建起国家农产品加工技术研发体系框架，在行业技术需求调研、科研成果收集和筛选、成熟适用技术推广、标准制修订等发面发挥了积极的作用。启动实施了一批农产品加工行业科技专项，突破了一批共性关键技术，示范推广了一批成熟适用技术。
专用原料基地不断扩大。以公司加农户、龙头带基地等多种形式，建设了一大批规模化、标准化、专业化的农产品生产基地，辐射带动1亿多农户，为农产品加工业健康发展提供可靠的原料保障；支持一批农产品加工企业实施了“走出去”战略，在国外布点建厂，建设了农产品加工原料基地，增强原料保障能力。
自2004年以来，各级政府始终把发展农产品加工业作为促进现代农业发展、新农村建设、县域经济发展、农民转移就业增收的重要手段常抓不懈。尤其是2012年，农业部与财政部共同启动实施了农产品产地初加工补助项目，安排财政转移支付资金，采取“先建后补”方式，扶持马铃薯、水果、蔬菜等重要农产品主产区的农户和农民专业合作社建设储藏保鲜、烘干等产地初加工设施，以解决我国农产品产后损失严重问题，实现“减损增供、均衡上市、稳定价格、提高质量、促进增收”等一举多效的作用。