菌种的复活
秸秆发酵活干菌每袋3克，可处理麦秸、稻草、玉米干秸秆1吨或青秸秆2吨。在处理秸秆前，先将菌剂倒入200毫升水中充分溶解。大型奶牛场可使用洗奶桶的水，这样可提高菌种的复活率，保证微贮饲料的质量。然后在常温下放置1小时~2小时，使菌种复活。复活好的菌剂一定要当天用完，不可隔夜使用。
菌液的配制
将复活好的菌剂倒入充分溶解的0.8％~1.0％食盐水中拌匀。
秸秆的准备(切碎)
用于微贮的秸秆一定要用铡刀切短，养羊用3厘米~5厘米，养牛用5厘米~8厘米。这样易于压实和提高微贮窖的利用率，保证微贮饲料制作的质量。
微贮设施的准备
微贮可用水泥池、土窖，也可用塑料袋。水泥池是用水泥、黄沙、砖为原料在地下砌成的长方形池子，最好砌成两个相同大小的，以便交替使用。这种池子的优点是不易进气进水，密封性好，经久耐用，成功率高。土窖的优点是成本低，方法简单，贮量大。水泥池和土窖的大小根据需要量设计建造。先铺20厘米~25厘米秸秆，均匀喷洒上菌液，压实后，再铺20厘米~25厘米秸秆，再喷洒菌液，压实，直到高于窖口40厘米再封口。分层压实的目的是为了迅速排出秸秆空隙中存留的空气，给菌种发酵繁殖创造厌氧条件。如果当天装填窖没有装满，可盖上塑料薄膜，微贮后的秸秆含水率要求达到60％~65％。由于这些秸秆本身含水率很低，需要补充含有菌剂的水。需要配备一套由水箱、水泵、水管和喷头组成的喷洒设备。水箱的容积以1000升～2000升为宜，水泵最好选潜水电泵，水管选用软管。家庭养牛羊，可用喷壶直接喷洒。青玉米秸秆微贮因本身含水率较高（一般在70％左右)，微贮时不需补充过多的水分，只要将配置好的菌剂水溶液均匀地喷洒在贮料上，可用小型背式或械杆式喷雾器喷洒。
添加营养物质
在微贮麦秸或稻草时，根据各地具体条件可加入0.5％的玉米粉、麸皮和大麦粉。这样做的目的是在发酵初期为菌种的繁殖提供一定的营养物质，以提高微贮料的质量。加大麦粉、玉米粉或麸皮时，铺一层秸秆撒一层粉，再喷洒一次菌液。
贮料水分控制与检查
微贮饲料的含水量是否合适，是决定微贮饲料好坏的重要条件之一。因此在喷洒和压实过程中，要随时检查秸秆的含水量是否合适，各处是否均匀一致，特别要注意层与层之间水分的衔接，不要出现夹干层。含水量的检查与控制与青贮饲料调制方法相同。微贮饲料含水量控制在60％~65％最为理想。
封窖
当秸秆分层压实到高出窖口40厘米时，在最上面一层均匀撒上食盐粉，再压实后盖上塑料薄膜。食盐的用量为每平方米250克，其目的是确保微贮饲料上部不发生霉坏变质。盖上塑料薄膜后，在上面放置20厘米~30厘米厚的秸秆，覆土15厘米~20厘米，密封。密封的目的是为了隔断空气与秸秆的接触，保证微贮窖内呈厌氧状态。
挖好排水沟
秸秆微贮后，窖池内饲料会慢慢下沉，应及时加盖土层使之高出地面，并在周围挖好排水沟，以防雨水渗入。
开窖
开窖时应从窖的一端开始，先去掉上边覆盖的部分土层、草层，然后揭开薄膜，从上至下垂直逐段取出。每次取完后，要用塑料薄膜将窖口封严，尽量避免与空气接触，以防二次发酵和变质。微贮饲料在饲喂前最好再用高湿度茎秆揉碎机揉搓成细碎状物，以便进一步提高牧畜的消化率。
秸秆微贮成败的关键就在于压实、密封和根据饲养的家畜头数来决定微贮设施的大小。压实好坏是关系成败的重要一环，密封不好，微贮秸秆上部会霉烂变质，造成浪费。窖的大小以制作一窖微贮饲料，家畜在1个月~2个月内吃完即可。如常年饲养牛羊，可建2个~3个微贮窖交替使用。开窖后，按时用完。