为做好灾后动物防疫工作，灾区应重点抓好以下几项工作：一是及时无害化处理死亡畜禽；二是对饲养场内外环境和屠宰场、交易市场和畜禽尸体处理等场所消毒；三是加强动物疫病免疫接种；四是加强饲养管理和生物安全措施，确保畜禽饲料和饮水安全，确保养殖环境卫生。
一、病死畜禽的无害化处理
发生洪涝灾害时，由于死亡畜禽体内带有大量微生物，如不及时进行无害化处理，任其腐烂发臭，病菌会到处扩散，不仅污染环境，还容易引发人畜共患病。
（一）处理方法
及时打捞死亡畜禽尸体,首选焚烧、化制等方法进行专业无害化处理，不具备条件的地方可选择深埋，深埋应选择高岗地带，有条件的地方可以进行焚烧后深埋处理。
（二）灾区畜禽尸体深埋处理技术要点
1.设施设备。根据死亡动物处理数量大小，准备好作业工具，如卡车（在卡车底层接触面铺垫塑料薄膜）、拖拉机、挖掘机、推土机、装卸工具、动物尸体装运袋（最好密封）等。运输车辆应防止体液渗漏，接触面应易于反复清洗消毒。
2.畜禽尸体运输。动物尸体最好装入密封袋，运输车辆密闭防渗，车辆和相关运输设施离开圈舍和掩埋点时应进行消毒。动物尸体不得与食品、活畜禽同车运送。
3.畜禽深埋坑选择。有足够封土掩盖，土壤渗透性不高，同时参照农业部印发的《病死及病害动物无害化处理技术规范》，与江河、湖泊、池塘、井水等水体有一定距离，至少100米～150米，另外要考虑便于动物尸体运抵，避开公共视野，距离居民区至少100米，避开泄洪道、洪水经常冲刷之地和岩石层。
特定情况下，饲养场死亡动物可考虑就地掩埋。零散小动物（如鸡等）可掩埋在树根下等地方。
4.掩埋坑体的挖掘。坑体体积一般为动物尸体体积的2倍到4倍。坑体宽度一般不小于1.2米，深度一般为2米，不超过3米，坑底应相对平坦。如果需要多个掩埋坑，坑间距不小于1米。坑体体积可按动物尸体估计重量计算：动物尸体体积（立方米）=动物尸体估计重量（千克）/1000。
5.掩埋方法及要求。在掩埋坑底铺撒生石灰，有条件的地方铺设一些可燃烧的物质；再将尸体置于坑中后，浇上燃油进行焚烧，待焚烧过后，加土覆盖，覆盖土层厚度不得低于1.5米。当小动物尸体数量较大时，可分层焚烧掩埋，每层尸体厚度一般不超过0.3米，中间铺设可燃烧物质至少0.3米，依次分层焚烧掩埋，最后覆盖土层厚度不得低于1.5米。掩埋过程中，掩土不得压实，以免影响自然腐化。掩埋后，应防止野生动物（野狗、野猫等）刨挖。
6.在无害化处理场周边拉设警戒线和警告牌。防止无关人员误入发生危险；按要求安排工作人员定时巡查，防止不法分子盗挖畜禽尸体倒卖。
7.对因炭疽等共患病死亡的畜禽尸体，禁止解剖，尸体应在掩埋坑内焚烧彻底后再将焚烧物质深埋。
8.对在野外发现的动物尸体也要及时收集进行无害化处理。
（三）工作人员的防护安全
1.工作人员在进行无害化处理工作时，要穿戴防护服、橡胶手套、口罩、护目镜和胶靴。
2.处置完毕后工作人员应及时对个人及环境进行清洗消毒，接受健康检测，出现不良症状时应尽快到卫生部门检查。
（四）畜禽排泄物及污水处理
畜禽粪便、垫草、污水都必须全部进入沼气池或集中堆积，密闭发酵42天后方可还田使用；对于少量的粪便或垫草可晾晒、干制后集中焚烧处理；饲养场的污水必须经3次沉淀，流出的清水才可排出。告知养殖户，严禁向水源、河流、路边等处随意丢弃畜禽尸体。
二、消毒
洪涝灾区连续遭受强降雨，死亡畜禽和各种污物随水流动，水源等环境易受到污染。同时，土壤中的病原被雨水冲出来，也会引发疫病。为消灭环境中病原体，切断传播途径，预防和控制传染病流行，保障人畜健康，必须进行大消毒。灾区畜牧兽医部门要指导受灾养殖场（户）开展消毒工作，指导规模养殖场、养殖小区落实卫生消毒措施，防止发生疫情。
（一）消毒范围
洪灾过后要指导灾区养殖场(户)做好圈舍及周围环境的清扫消毒工作。一要做好圈舍环境的清扫工作，防止野生动物侵入，消灭老鼠和蚊蝇；二要对所有圈舍进行一次全面消毒。消毒重点是畜禽舍、屠宰场(点)、畜禽及其产品加工、销售场地、仓库、中转场地、畜禽交易市场、饮水源、畜禽运输车辆、用具等；特别是是对死亡动物的圈舍进行彻底、多次消毒。
灾后要对圈舍和周围环境进行彻底的清理消毒。一是对倒塌的圈舍进行消毒，重点是对死亡动物的圈舍进行彻底消毒；二是对可继续使用的养殖场消毒，大型养殖场要定期清扫，定期用消毒剂消毒，保持圈舍清洁和环境卫生，防止野生动物侵入，消灭老鼠和蚊蝇。小型养殖场及散养户，重点是经常性地清扫圈舍和处理粪便，保持清洁。如发生疫情，要采用化学消毒药品或消毒剂进行消毒。三是对重建的圈舍消毒，除按常规消毒外，灾后还应根据疾病的流行情况增加消毒次数，选择合适的消毒药品。有条件的地方，建立沼气池，发酵处理粪便，防止蚊蝇滋生。
（二）常用消毒药品及使用方法
1.生石灰：适用刷棚圈墙壁、桩柱及地面的铺洒消毒等。石灰水的配制方法：1公斤生石灰加4～9公斤水。先将生石灰放在桶内，加少量水使其溶解，然后加足水量。石灰水要现配现用，放置时间过长会失效。
2.烧碱：2％烧碱溶液可用于消毒棚圈、场地、用具和车辆等。3％～5％的烧碱溶液，可消毒被炭疽芽孢污染的地面。消毒棚圈时，将家畜赶(牵)出栏圈，经半天时间，将消毒过的饲槽、水槽、水泥地或木板地用水冲洗后，再让家畜进圈。
3.过氧乙酸：2％～5％的过氧乙酸溶液，可喷雾消毒棚圈、场地、墙壁、用具、车船、粪便等。
4.复合酚：复合酚100～300倍液适用于消毒畜舍、场地、污物等。
5.季铵盐类：用3000倍稀释液喷洒、冲洗、浸渍，可用来消毒畜舍、环境、机械、器具、种蛋等。季铵盐类2000倍液可用于紧急预防畜禽舍的消毒。季铵盐类10000～20000倍稀释液可预防储水塔、饮水器被污物堵塞，可以杀死微生物、除藻、除臭、改善水质。
此外，可选用氯制剂、碘制剂、酸制剂、醛类、卤素类、表面活性剂等消毒剂，按说明书要求配制后对圈舍环境、器械等进行消毒。
（三）消毒次数
要保证消毒频率。灾后环境至少每周消毒两次，圈舍可带畜禽每周消毒3～4次。一旦发生疫情，应增加消毒次数，并对消毒效果进行监测。
要保证消毒药物的有效浓度；防止酸碱消毒剂混用，影响消毒效果。